Akatsuki:

Helyszín: Nincs
Besorolás: Bűnös szervezet
Tagok: Uchiha Itachi, Hoshigaki Kisame, Orochimaru stb.

9 tagból álló szervezet, akiknek céljuk a világuralom. 

Jashin:

Helyszín: Nincs
Besorolás: Vallás szervezet
Tag: Hidan

Hidan egy Akatsuki tag. Hisz a Jashin kultuszban (Evil isten) cssata előtt, mindig imátkozik. Miután legyőzte ellenségét, ismét 1 véres rítust hajt végre. Hord egy nyakláncot is, amin a Jashin szinbóluma van.

Konoha rendőrség:

Helyszín: Tűzország
Tagok: Uchiha klán

A város békéjért és a törvényvégrehajtásért feleltek. Miután Itachi megsemmisítette az Uchihákat, a klánnal együtt a szervezet is eltűnt.

Konoha kórház:

Helyszín: Rejtett levél
Besorolás: Egészségügyi szervezet
Tag: Kaori

Nem csak a ninják sebesüléseit, hanem a falu összes lakóit ellátják.