A Chakra az ember szellemi és fizika erejének a keveréke, ennek függvényében 5 féle lehet: Tűz, Víz, Villámlás, Szél és Föld. Ennek a két erőnek a keverékéből állítódik össze egy olyan erő, amivel aztán képes különböző Jutsu-kat (Ninjutsu, Genjutsu és Taijutsu) véghezvinni. A Jutsu véghezvitele alatt, a Chakra megfelelő helyre való irányításán kívül, még kézjeleket is kell alkotniuk. A Jutsu végső formáját a Chakra irányítása és a kézjelek megfelelő sorrendje határozza meg. A kézjelek számtalan kombinációban léteznek, így Jutsuból is számtalan van.

A Chakra egy olyan belső energia, ami a Chakra-ereken belül kering a szervezetben. Ezek az erek behálózzák az egész testet és körülveszi az összes belső szervet és sejtet, még a proteineket is. Ezt a Chakrafolyamot ami ezekben az erekben kering, képesek vagyunk mentálisan irányítani. Ez a keringési rendszer több ponttal rendelkezik ahol képesek vagyunk ezt kiáramoltatni, ezeket a pontokat Tenketsu-nak nevezik. A tenketsut, ha pontosan eltalálják, akkor serkenthető, vagy megállítható a Chakra áramlása azon a ponton, ezeket a pontokat egyedül a Hyuuga család vérvonal képességével (Byakugan) lehet látni. A keringési rendszerben ezen felül létezik 8 kapu, ahol a legtöbb ilyen Tenketsu található, ezek a kapuk irányítják a Chakra áramlást. Az 1.kapu a "Nyitás" kapu, a 2.az "Energia" kapu, a 3. az "Élet" kapu, a 4. a "Sebesülés" kapu, az 5. az "Erő kapu", a 6. a "Látvány" kapu, a 7.az „Őrület” kapu és végül a 8.a "Halál" kapu. A kapukat nagy megerőltetéssel ki lehet tárni, és ezzel a különböző mentális gátakat lehet áthágni és a használója még a tízszeresére is növelheti az erejét, viszont ezt a szervezet meglehetősen megsínyli. Amennyiben mind a 8 kapu kinyílik, abban az esetben a használó nagyobb erőre tesz szert, mint egy hokage, de ha az összes kaput megnyitja akkor a használatába belehal.

Egy technika eredményes használatához nagyon precíz Chakra irányításra van szükség, amennyiben az irányítás nem tökéletes, a technika sem fogja a várt hatást kifejteni és a belefektetett Chakra elvész. Létrehozható a technika nem tökéletes Chakra irányítással, de akkor ahhoz, hogy a kívánt eredmény érjük el, több Chakrát kell az adott Jutsuba belefektetni és így hamar kimerül a használója.